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在自然界中腐生着大量的细菌，它和其他腐生真菌联合起来，把动物、植物的死体和排泄物以及各种遗弃物分解为简单物质，直至变为水、二氧化碳、氨、硫化氢或其他无机盐类为止，它们不仅完成自然界物质循环作用，还供给植物和农作物肥料。
有益于农业的细菌很多。如与豆科植物共生的根瘤菌，将空气中的氮，固定为氮化物，供给豆科植物营养;土壤中的固氮菌能给高等植物提供氮肥;磷细菌把磷酸钙、磷灰石、磷灰土分解为农作物容易吸收的养分;硅酸盐细菌能促进土壤中磷、钾转化为农作物可以吸收的物质。
细菌可用于工业方面。如利用细菌的发酵作用制造乳酸、丁酸、醋酸、丙酮等;此外，在造纸、制革、炼糖等方面以及浸剥麻纤维等也要利用细菌的活动。
在医药方面利用细菌也很多。如利用大肠杆菌产生的冬酰胺酶，用于治疗白血病;肠膜状明串珠菌产生右旋葡萄糖酐，是很好的代用血浆;人们利用杀死的病原菌或处理后丧失毒力的活病原菌，制成各种预防和治疗疾病的疫苗;也利用细菌的活动，制取抗血清和抗生素。
但细菌的有害方面，也不容忽视，如痢疾，伤寒、鼠疫、霍乱、白喉、破伤风等病原菌，侵入人体，可以发生严重疾病，危害生命。家畜、家禽的传染病菌，如马炭疽菌、猪霍乱病、鸡霍乱病等，可致家畜、家禽死亡。腐生细菌能使肉类等食物腐败，人误食后会引起中毒。
细菌与真菌对自然界的作用：
一、作为分解者参与物质循环
1.枯草杆菌使梨或苹果腐烂
2.真菌和细菌在物质循环中的作用：对于自然界中CO2等物质的循环起重要作用。
二、引起动植物和人患病
1.细菌可引起动植物和人患病。
2.真菌可引起动植物和人患病。
三、与动植物共生：
1.地衣——真菌和藻类共生。
2.豆科植物根瘤——根瘤菌和豆科植物共生。
3.动物胃肠中的某些细菌和该动物共生
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