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当我们熟悉了各种根、茎的形态和变态以后，就会明白，长在地下的不一定都是茎，长在地下的也不一定都是根；形态像根的，不能说一定是根，形态不像茎的，也不一定不是茎。那么根和茎的区别究竟在哪里呢？它们的本质区别有三点：
第一，凡是茎，都有节，不管是地上茎、地下茎、匍匐茎或鳞茎……，在它们上面都可以找到节。但有些节很明显，有些节并不那么清楚。 而在根上没有节。有时在根上也看到似乎像节一样的形态，例如萝卜的根上，也会有像马铃薯块茎上的凹穴，其实这两者是有本质区别的，前者是萝卜肉质直根上侧根脱落后的痕迹，而后者却是长鳞片状叶的节。
第二，凡是茎，都长叶。不管是什么茎，在其节上都会长出叶，即使在变态茎上也不例外，只不过它们的叶有时很不明显，或者长得很细小，不注意时几乎看不清，这些叶在形态上和正常的叶差别很大，有时呈膜质，有时呈鳞片状或者呈鞘状，这都是在特殊环境中，由正常叶转化而来的。在茎的叶腋处有芽，这些芽有些是长成枝条的，因此枝条也总是长在芽上，“节外生枝”的情况是极少见的，偶而在栀子花的茎上可以看到。 但在根上决不会长叶，它即不会长正常的叶，也不可能长出特化的叶。在成千上万种植物中，没有一种植物的根上会长出一片叶的。
第三个特点是茎上能开花。所有开花的植物，花都是从茎上长出来的。即使变态的茎，也有开花的特性，如荷花就是从要有茎上长出来的，也就是从藕的侧芽上发育而成的，有少数几种植物，花朵会从叶片上开放，如百部，这是由于花梗同叶柄结合起来的缘故，使看上去花朵像着生在叶片上。 而在根上是不可能长出一个花蕾，而开出一朵鲜花的。在某些植物的根上有时会长出一些芽，如构树的根上会长芽，发展成为一棵新的植株。但这种芽生长的位置从来不固定，谁也说不准它会从什么地方冒出来。它不同于茎上的侧芽、顶芽有固定的部位。因此根上的这种芽，属于不定芽。这种芽始终是一种叶芽，决不可能是花芽。在热带地方，某些植物的根上会长出一朵巨大的花，叫大王花，其直径可达1.4米，这其实是一种寄生现象，是大王花寄生的某些植物的根上，是两种植物间的寄生关系，并非在某种植物的根上开出自己的花。
根据以上三方面的比较，区分根和茎就不困难了。
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