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重大新药创制、重大传染病防治2个医疗领域的重大专项共有11项成果获奖。这两个专项围绕人口健康和产业发展，几年来的实施取得显著成效，研制出一大批新药品种，传染病防控能力显著提升。
“我国首次对甲型H1N1流感大流行有效防控及集成创新性研究”获国家科技进步一等奖。在传染病防治国家科技重大专项支持下，我国建立了举国体制集成创新性的传染病防控综合技术平台。依托传染病防控综合技术平台，针对防控各个阶段中的关键性科学问题，开展全国多学科集成大协作攻关研究，为全球防控流感做出了重大贡献，大幅提升我国新发突发传染病应急处置能力，有效保障了人民健康、社会稳定和经济发展。
“中成药二次开发核心技术体系创研及其产业化”获国家科技进步一等奖。该研究在新药创制国家科技重大专项支持下，从解决中成药品种个性化难题起步，聚焦于突破中成药二次开发共性关键核心技术，开辟了中药制药技术升级路径，培育了一批大品种，提升传统中药技术水平和中药安全性、有效性和稳定性，使一批中药企业迈入高技术产业先进行列，为传统中药产业的现代化和提质增效发挥了引领支撑作用。除科技进步一等奖1项外，另有4项科技进步二等奖是中药研究领域。
国家科学技术奖一共分为五项，分别是最高科学技术奖、国家自然科学奖、国家技术发明奖、国家科学技术进步奖、中华人民共和国国际科学技术合作奖。其中，国家科学技术进步奖与上市公司最为紧密。以下为入围生物医药上市公司一览。
中国生物技术股份有限公司、北京天坛生物制品股份有限公司（天坛生物，600161.SH），华兰生物疫苗有限公司（华兰生物，002007.SZ），我国首次对甲型H1N1流感大流行有效防控及集成创新性研究
天津市医药集团有限公司（中新药业，600329.SH、力生制药，002393.SZ），中成药二次开发核心技术体系创研及其产业化；
广州白云山和记黄埔中药有限公司（白云山，600332.SH），调肝启枢化浊法防治糖脂代谢紊乱性疾病基础与应用研究；
上海医药工业研究院（上海医药，600849.SH）：抗精神病新药奥氮平及其制剂的研制和应用
华东医药股份有限公司、杭州中美华东制药有限公司、杭州华东医药集团新药研究院有限公司（华东医药，000963.SZ）：阿卡波糖原料和制剂生产关键技术及产业化；
上海医药工业研究院（上海医药，600849.SH），浙江华海药业股份有限公司（华海药业，600521.SZ），抗高血压沙坦类药物的绿色关键技术开发及产业化
四川科伦药业股份有限公司（科伦药业，002422.SZ），新型直立式聚丙烯医用输液袋制造技术与产业化
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