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蔓延至南非这一非洲最主要的玉米生产国的干旱气候由于厄尔尼诺现象而加剧，并波及从津巴布韦至马拉维等国家。据预测，全球将会有1000万人口由于干旱和缺水而遭受饥饿，而这些人口主要集中在非洲。
受干旱影响最重的是津巴布韦，该国经济在最近5年内一直希望从恶性通货膨胀和广泛的粮食短缺中恢复。该国不允许进口转基因玉米，只在充分安全监督的条件下紧急接受转基因玉米援助。每年大约有16%的津巴布韦人口需要粮食援助。今年，政府计划进口70万吨玉米，但其主要进口国，例如赞比亚和坦桑尼亚都面临着收成不佳的一年。因此，津巴布韦今年很有可能再度接收转基因玉米。
南非是非洲唯一进行商业化转基因玉米生产的国家。据南非最大的生产者组织GrainSA称，今年南非生产的玉米占到整个非洲南部玉米产量的40%，但因为干旱，仍需进口大约500万吨玉米。
这种情况为转基因作物带来了前景，尤其是玉米，这是大多数撒哈拉以南非洲国家的主要粮食作物。许多非洲国家禁止种植转基因作物，认为他们交叉污染其他植物和环境，并对人体健康产生长期影响。但当前非洲民众对于转基因的观念正在转变。非洲转基因作物专家GetachewBelay说，布基纳法索苏丹最近已经开始转基因棉花的商业化种植。
赞比亚2002年经历了一次严重的干旱，数百万人口需要粮食援助，但该国拒绝了转基因玉米的援助者，理由是科学信息不足。然而该国高等教育部长MichaelKaingu近日告知议会赞比亚目前欢迎转基因作物。这也是非洲大陆上逐渐蔓延的一种趋势。埃塞俄比亚已经修订了其生物安全法，允许转基因棉花的试验，这也是迫于国内纺织行业呼吁廉价棉花生产的压力。此外，肯尼亚、乌干达、马拉维、斯威士兰、尼日利亚和加纳等过一直在进行转基因作物的试验。
种子公司将会从转基因作物的大规模采用中获得裨益。孟山都已在包括津巴布韦在内的一些非洲国家开展转基因玉米和棉花的试验。
然而，转基因作物从试验到商业化种植的进程是缓慢的。Belay说能影响非洲种植转基因作物的一个重要因素是中国是否开始种植转基因水稻，目前这种转基因作物已经研发成功但尚未投入生产。
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