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不过，也有很多专家对此表示质疑，他们害怕逃脱人类掌控的克隆动物会污染物种，呼吁政府加强对其监管。
转基因动物制药小试牛刀
据美国物理学家组织网报道，使用克隆动物制药的例子很多，比如，从克隆奶羊或奶牛的奶和血液中可提取蛋白质和抗生素；克隆鸡可产下用于制药的鸡蛋；克隆猪可用来培育人类器官等等。科学家表示，通过克隆技术，制造出这些动物完美的复制品能够加速制药过程并且降低制药成本。
比如，位于美国威斯康星州的生物技术公司Infigen公司使用核转移技术，培育出一种进行了基因改造的小猪，这种猪可用于研究异种基因移植(或称异种移植，是使用动物的细胞、组织或器官治疗人类的不治之症)。
该公司也制造出了一群经过了基因改造的奶牛，公司希望能从这些奶牛的奶和血液中提取出蛋白质来治疗血友病。但是，该公司由于缺乏资金，已被迫于2004年关门。该公司前总裁迈克尔·毕晓普解释说：“那时，我们正在进行新的研究尝试，美国食品和药物管理局(FDA)的认证过程并不如现在这般完善，投资者们都采取观望态度，使我们的发展举步维艰。”
无独有偶，2006年，麻省GTC生物制药公司的科学家首次利用从基因改造的母羊中抽取的乳汁研制出抗凝血的药物——ATryn。该药是全球第一种通过山羊奶制造的蛋白质药物，方法是改造山羊的基因，令它们的乳汁蕴含丰富的抗凝血蛋白。GTC的技术研发副总裁扬·艾克兰德称，150头奶羊生产出的药品足以满足成千上万人的需求。
FDA的专家认为，这种由羊奶制成的抗凝血药物医疗成效显著，而且非常安全。2009年2月，FDA首次批准由转基因动物生产的药物ATryn上市。该药物也已经在欧洲批准发售。
该药物的上市可以推动科学家研制出其他经过基因改造的生物来制药，改变目前需要通过化学物质来制药的现状。科学家乐观地预计，在未来数年内，就有望研制出采用同样方法制造的药物，造福罹患血友病和其他疾病的患者。
艾克兰德同时也表示，当然，不使用克隆技术也可以，条条道路通罗马，只不过，克隆技术的结果更有保障，而且制药成本低、效率高。
2009年，美国《纽约时报》在报道中也列举了几个处于研发中的通过转基因动物技术生产的药物，比如，荷兰Pharming制药公司利用转基因兔的乳汁生产的重组人类C1抑制蛋白药物Rhucin(用于治疗某种遗传性蛋白质缺陷症)，已于2009年向欧洲药品管理局申请上市许可证，最终的审查有望于2010年第三季度获准通过；而另一家公司也在研制由转基因山羊表达、用于治疗神经毒气中毒的药物。
动物物种污染问题不可忽视
很多人对克隆动物制药这种方式深表欢迎。他们认为，这种药物生产手段可以稳定地为人类供应某些重要或稀缺药物，而且，其生产方式更加环保、经济，不需要砸巨资设立庞大的工厂，还可以减少各种环境污染等问题。
也有很多人对克隆动物心存疑窦、敬而远之。他们表示，如果某些转基因克隆动物逃脱人类的控制，同天然的动物进行交配，可能会引发一系列问题，比如污染该物种等。
非政府组织食品安全中心的律师乔治·吉姆布瑞表示：“我们从转基因农作物中学到的经验是，自然界拥有其独特的繁殖方式，人为地改变或者破坏这种方式会带来一系列问题。”他还说：“我所担心的是，一旦我们制造出了这些转基因动物，我们能否采取相应的措施，不让其逃脱人类的监控并通过食物链影响环境和公众健康？”
威斯康辛大学麦迪逊分校的动物学教授马克·库克表示：“作为科学家，我们能够制造出安全的克隆动物。但是，现在主要的问题是加强对于克隆动物制药的管理。一种新药要想获得FDA的批准可能需要10年到15年的时间，并且耗资几十亿美元，这让很多生物制药公司不堪重负。”
非政府组织遗传和社会研究中心的皮特·香克斯表示，转基因技术也会引发人类残忍对待动物的问题，该组织鼓励人们负责任地使用转基因技术。
去年，新西兰一家国有公司制造出了4头转基因小牛，该公司计划使用这些小牛制造治疗不孕不育的荷尔蒙，刚开始，一切进行得很顺利，有3头转基因小牛发育出了巨大的卵巢，然而，6个月后，其中两头意外死亡。
香克斯还表示：“人们对这种失败的反应众说纷纭。但是，很多科学家对此无动于衷，他们认为，这种动物的死亡并非什么大事，只是人类学习过程中必须付出的代价而已。我们应该留意这种反应，并对科学家这种漠然的态度保持警惕。”
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