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不同mRNA序列的分子大小和碱基排列顺序各不相同，但都具有5ˊ-端非翻译区、开放阅读框架区、和3ˊ-端非翻译区;真核生物的mRNA的5ˊ-端还有帽子结构、3ˊ-端有长度不一的多聚腺苷酸(polyA)尾。帽子结构能与帽子结合，在翻译时参与mRNA在核糖体上的定位结合，启动蛋白质生物的合成;帽子结构和ployA尾的作用还有稳定RNA;开放阅读框架区与编码蛋白质的基因序列相对应。
遗传密码表
在mRNA的开放式阅读框架区，以每3个相邻的核苷酸为一组，代表一种氨基酸或其他信息，这种三联体形势称为密码子(codon)。如图，通常的开放式阅读框架区包含500个以上的密码子。
遗传密码的特点
一方向性：密码子及组成密码子的各碱基在mRNA序列中的排列具有方向性（direction），翻译时的阅读方向只能是5ˊ→3ˊ。
二连续性：mRNA序列上的各个密码子及密码子的各碱基是连续排列的，密码子及密码子的各个碱基之间没有间隔，每个碱基只读一次，不重叠阅读。
三简并性：一种氨基酸可具有两个或两个以上的密码子为其编码。遗传密码表中显示，每个氨基酸都有2,3,4或6个密码子为其编码(除甲硫氨酸只有一个外)，但每种密码子只对应一个氨基酸，或对应终止信息。
四通用性：生物界的所有生物，几乎都通用这一套密码子表
五摆动性：tRNA的最后一位，和mRNA的对应不完全，导致了简并性
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