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农场主为牛使用抗生素产生的影响可能不仅仅是出现耐药细菌，这也可能推动温室气体的排放。
研究人员分析了使用四环素治疗3天后，牛排泄物中的甲烷数量。四环素是一种常用的抗生素。在实验过程中，使用抗生素的牛的排泄物中，能产生温室效应的甲烷的排放量比未使用抗生素的牛平均高80%。
而之所以出现这种情况，是因为使用抗生素后，牛消化系统内的抗生素敏感细菌被抑制，而一种能产生甲烷的微生物（古生菌）的数量相对增加。该研究小组表示，这是首次发现牛使用抗生素能增加温室气体的排放量。
最近有研究显示，全世界每年由反刍牲畜产生的甲烷对地球气候变暖所起的作用相当于21亿吨二氧化碳的效果，是与人类活动相关的温室气体排放量的4%还多一点。
这让奶牛成为甲烷减排的诱人目标。由于牛粪中的甲烷排放低于其嗳气中的甲烷，因此，研究人员将分析使用抗生素对牛体内的甲烷的影响。
不过，研究曾发现一种名为3-nitrooxypropanol的化合物（也称为3NOP）能大量减少牛的甲烷排放。他们将3NOP添加到84只产奶的荷斯坦牛的饲料中，并连续12周监测它们的甲烷产量。结果显示，甲烷排放量平均下降了30％。而且，该添加剂似乎并没有影响奶牛的胃口，也没有影响奶牛产奶或者是所产牛奶的构成。
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