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原核生物的基因结构多数以操纵子形式存在，即完成同类功能的多个基因聚集在一起，处于同一个启动子的调控之下，下游同时具有一个终止子。两个基因之间存在长度不等的间隔序列，如与乳糖代谢有关酶的基因。在距转录起始点-35和-10(转录起始点上游的核苷酸序列为“-”，下游的核苷酸序列为“+”)附近的序列都有RNA聚合酶识别的信号。RNA聚合酶先与-35附近的序列(称为Pribnow框)结合，然后才与-10附近的序列(称为Sextama框)结合。RNA聚合酶一旦与-10附近序列结合，就立即从识别位点上脱离下来，DNA双链解开，转录开始。除启动子外，往往还有一些调控转录的其他因子，如调节基因和操纵基因。
原核生物基因转录终止之前同样有一段回文序列结构，称为终止子，它的特殊的碱基排列顺序能够阻碍RNA聚合酶的移动，并使其从DNA模板链上脱离下来。
相比真核细胞，原核细胞也有编码区与非编码区，但无内含子，仅有外显子。
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